Так как Акбар занимал трон в подростковом возрасте; он был поддержан группой дворян.
Байрам-хан оставался у руля дел Империи Великих Моголов почти следующие четыре года, и в этот период он полностью контролировал дворянство.
Территории Империи Великих Моголов были расширены от Кабула (на севере) до Яунпура (на востоке) и Аджмера (на западе).
Силы Моголов захватили Гвалиора, и были предприняты энергичные усилия, чтобы покорить Рантхамбор и Малву.
Через некоторое время Акбар приближался к зрелости. С другой стороны, Байрам-хан стал высокомерным и оскорбил многих влиятельных людей и знати двора Моголов (поскольку он обладал высшей властью). Многие из дворян жаловались Акбару, что Байрам-хан был шиитом и что он назначал своих собственных сторонников и шиитов на высокие должности, пренебрегая старыми дворянами.
Обвинения против Байрам-хана сами по себе были не очень серьезными, но он (Байрам-хан) стал эгоистичным и, следовательно, не осознавал, что Акбар рос. Фактически возникла мелочь по мелочам, из-за которой Акбар понял, что больше не может оставлять государственные дела в чужих руках.
Чтобы контролировать Байрам-хана, Акбар ловко разыграл свои карты. Он покинул Агру под предлогом охоты и приехал в Дели. Из Дели Акбар выпустил фермера (призыва), уволившего Байрам-хана из его офиса, и приказал всем дворянам прийти и подчиниться ему лично.
Фермер заставил Байрам-хана понять, что Акбар хотел взять власть в свои руки; Итак, он был готов подчиниться, но его противники стремились погубить его. Они осыпали его унижением до тех пор, пока он не стал бунтовать.
Восстание отвлекло империю почти на шесть месяцев. Наконец, Байрам Хан был вынужден подчиниться в суде Акбара; Акбар принял его сердечно и дал ему возможность служить в суде (где угодно) или уйти в Мекку.
Байрам-хан решил уйти в Мекку. По пути в Мекку он был убит в Патане близ Ахмадабада афганцем, который обиделся на него.
Жена Байрам-хана и маленький ребенок были доставлены в Акбар в Агре. Акбар женился на вдове Байрам-хана (которая также была его двоюродным братом) и воспитал ребенка как своего собственного сына.
Ребенок Байрам-хана позже стал популярным как Абдур Рахим Хан-и-Ханан и занимал некоторые из самых значительных постов и команд в Империи Моголов.
Во время восстания Байрам-хана некоторые группы и отдельные представители дворянства стали политически активными. В группу входили приемная мать Акбара, Махам Анага и ее родственники. Однако Махам Анага вскоре ушел из политики.
Сын Мухаммеда Анаги, Адхам Хан, был импульсивным молодым человеком. Он принял независимый вид, когда его отправили командовать экспедицией против малва. Он требовал поста вазира , и когда это не было принято, он нанес удар действующему вазиру в своем кабинете. Его тиранический акт разозлил Акбара. В 1561 году Адхам Хан был сброшен с парапета форта и умер.
Задолго до зрелости Акбара и установления его полного авторитета узбеки сформировали мощную группу. Они занимали важные должности в восточных штатах Уттар-Прадеш, Бихар и Малва.
В период с 1561 по 1567 годы узбеки много раз восставали, заставляя Акбара выступать против них. Каждый раз Акбар был вынужден помиловать их. Тем не менее, 1565 мятежник разозлил Акбара на таком уровне, что он поклялся сделать Джаунпур своей столицей, пока он не искоренит их.
Воодушевленный восстаниями узбеков, сводный брат Акбара, Мирза Хаким, который захватил контроль над Кабулом, продвинулся в Пенджаб и осадил Лахор. В результате этого узбекские повстанцы официально объявили его своим правителем.
Атака Мирзы Хамима была самым серьезным кризисом, с которым Акбар столкнулся после захвата Хему Дели. Тем не менее, храбрость Акбара и определенная удача позволили ему победить.
Из Яунпура Акбар прямо переехал в Лахор, вынудив Мирзу Хакима уйти в отставку. Тем временем восстание мирзы было подавлено, мирзы бежали в малва и оттуда в гуджарат.
В 1567 году Акбар вернулся в Яунпур из Лахора. Переправившись через реку Ямуна неподалеку от Аллахабада (в разгар сезона дождей), Акбар удивил повстанцев во главе с узбекскими дворянами и полностью разгромил их.
Узбекские лидеры были убиты в бою; Точно так же их длительное восстание подошло к концу.