После трех-четырех месяцев пребывания в Гауре Хумаюн планировал вернуться в Агру, оставив небольшой гарнизон. Несмотря на ряд проблем, таких как сезон дождей, недовольство знати и постоянные яростные атаки афганцев, Хумаюн смог вернуть свою армию в Чаузу около Буксара без каких-либо серьезных потерь.
Когда Кямран услышал о поступке Хиндала, он покинул Лахор, чтобы подавить восстание Хиндала в Агре. Но Кямран, хотя и не был нелояльным, не пытался отправить какую-либо помощь Хумаюну.
Обманутый предложением мира от Шер Шаха, Хумаюн перешел на восточный берег реки Кармнаса и дал полную возможность расположившимся там афганским всадникам. Это была великая ошибка Хумаюна, которая отражала не только плохой политический смысл, но и плохую генерализацию.
Силы Шер Шаха тайно атаковали Хумаюна; Однако Хумаюн каким-то образом сумел сбежать с поля битвы. Он переплыл реку с помощью водовоза. Шер Шах ограбил сокровища Хумаюна. В этой войне было убито около 7000 воинов-моголов и многих видных дворян.
После поражения в Чаусе в марте 1539 года Хумаюн мог спасти только самое полное единство тимуридских князей и знати.
Камран имел закаленную в боях силу в 10 000 Моголов под своим командованием в Агре. Но он не стал помогать Хумаюну, возможно, он потерял доверие к руководству Хумаюна. С другой стороны, Хумаюн не был готов отдать командование армиями Кямрану, так как он мог использовать его не по назначению для сохранения силы для себя. Путаница между двумя братьями росла, пока Кямран решил вернуться в Лахор со своей армией.
Армия, спешно собранная Хумаюном в Агре, не сразилась с Шер Шахом. Тем не менее, в мае 1540 года битва при Канаудже была оспорена. Оба младших брата Хумаюна, а именно Аскари и Хиндал, сражались мужественно, но безрезультатно.
Битва при Канаудже отняла империю Хумаюна, и он стал принцем без королевства; Кабул и Кандхар остаются под Камраном. Шер Шах, теперь стал единственным влиятельным правителем северной Индии.
В течение следующих двух с половиной лет Хумаюн продолжал бродить по Синду и соседним с ним странам, планируя различные планы по восстановлению своего королевства. Но вряд ли кто-то был готов помочь ему. Удивительно, но его собственные братья были против него и даже пытались убить или заключить его в тюрьму. Тем не менее, Хумаюн встретил все эти испытания и невзгоды с большой стойкостью и мужеством. Период падения Хумаюна отразил лучшую часть его характера.
Задумываясь в поисках укрытия, Хумаюн достиг при дворе иранского короля. В 1545 году с помощью иранского короля Хумаюн отбил Кандхар и Кабул.
Основными причинами неудачи Хумаюна были —
Неспособность Хумаюна понять природу афганской власти и обманчивый прием Шер Шаха.
Наличие большого количества афганских племен на севере Индии и их характер объединения под умелым лидером (таким как Шер Шах).
Не получив поддержки местных правителей и заминдаров, моголы оставались в численном отношении уступающими.
Различия Хумаюна с его братьями и его предполагаемые недостатки характера.
Хотя Хумаюн был компетентным генералом и политиком, две его ошибки — непродуманная бенгальская кампания и неправильное толкование предложения Шер-шаха — заставили его проиграть.
Жизнь Хумаюна была романтичной, он переживал от богатых к тряпкам и снова от тряпок к богатым.
В 1555 году, после распада империи Шер-шаха, Хумаюн снова возвратил Дели; Однако он не долго жил, чтобы насладиться своей победой.
Хумаюн умер из-за падения с первого этажа здания библиотеки в своем форте в Дели.
Могила Хумаюна была построена по приказу Акбара (сына Хумаюна) и первой жены Хумаюна (Бега Бегум). И, могила была разработана Мираком Мирзой Гиясом, персидским архитектором, назначенным Бегой Бегум.
Строительство гробницы было начато в 1565 году (через девять лет после смерти Хумаюна) и завершено в 1572 году. Общая стоимость строительства (гробницы) составляла 1,5 миллиона рупий (в то время).