У тимуридов не было четкой традиции преемственности, что можно увидеть в нерегулярной преемственности этой династии. Годы правления шаха Джахана были омрачены ожесточенной войной за наследство среди его сыновей.
Право выдвижения правителя принцем было принято некоторыми из мусульманских политических мыслителей. Но это не могло быть утверждено в Индии во время периода султаната.
Индуистские традиции были не очень ясны в вопросе наследования. По словам современника Акбара Тулсидаса, правитель имел право передать тику любому из своих сыновей. Однако среди раджпутов было много случаев, когда другие братья не принимали такую кандидатуру.
Санге пришлось вести ожесточенную борьбу со своими братьями, прежде чем он смог отстаивать свои права на гадди (трон).
Растущая тенденция к борьбе за престол среди братьев была главной заботой Шах Джахана во время последней части его господства. Четверо его сыновей, Дара, Шуджа, Аурангзеб и Мурад, были тщательно обучены правительству и военному искусству.
Среди всех четырех каждый из них оказался достойным и энергичным командиром. Хотя Шуджа и Мурад проявили храбрость, но были бездеятельны и непринужденны.
Дара был известен своими либеральными взглядами в вопросах религии и был покровителем обучения. Он был дружелюбен и завоевал доверие своего отца, который все больше опирался на него за советом по вопросам управления. Но Дара потерпел неудачу, так как у него был небольшой реальный опыт ведения войны. Кроме того, в некоторых случаях было доказано, что он плохо разбирается в человеческом характере.
Аурангзеб, с другой стороны, оказался умелым организатором, умным комендантом и проницательным переговорщиком. Уделяя личное внимание отдельным дворянам (как индусам, так и мусульманам), он привлек многих из них на свою сторону.
К концу 1657 года Шах Джахан заболел в Дели, и какое-то время его жизнь была в отчаянии, но постепенно он восстановил свои силы под любовной заботой Дары. Между тем ходили слухи, что Шах Джахан уже умер, и Дара скрывал реальность, чтобы служить своим собственным целям. Через некоторое время Шах Джахан медленно направился в Агру.
Тем временем принц, Шуджа в Бенгалии, Мурад в Гуджарате и Аурангзеб в Декане, либо были убеждены в том, что слух был правдивым, либо делали вид, что верили им, и готовились к неизбежной войне за наследство.
Стремясь предотвратить конфликт между своими сыновьями, который может привести к гибели империи, и предвидя его скорый конец, Шах Джахан решил назначить Дару своим преемником.
Шах Джахан поднял мансаб Даре с 40 000 затов до беспрецедентного уровня 60 000. Дара получила стул рядом с троном, и все дворяне получили указание повиноваться Даре как своему будущему государю.
Аурангзебу не понравилось решение шаха Джахана, и он принял серьезные меры, чтобы стать императором. Он победил всех и успешно стал императором.
Было много причин успеха Аурангзеба; Значительными из них были раздельные советы и недооценка его оппонентов со стороны Дара.
Узнав о военных приготовлениях своих сыновей и их решении напасть на столицу, Шах Джахан послал армию на восток под командованием сына Дары, Сулеймана Шико, которого поддержал Мирза Раджа Джай Сингх (для борьбы с Шуджей, который короновался сам).
Вторая военная группа была отправлена в Малву под руководством Раджи Джасванта Сингха, правителя Джодхпура. По прибытии в Малву Джасвант обнаружил, что столкнулся с объединенными силами Аурангзеба и Мурада.
Шах Джахан дал указание Джасванту Сингху запретить перемещение князей в столицу и убедить их вернуться и в любом случае не вступать с ними в военный конфликт.
Джасвант Сингх мог бы отступить, но, считая отступление вопросом бесчестия, он решил встать и бороться, хотя вероятности были определенно против него. Это была большая ошибка с его стороны.
15 апреля 1658 года победа Аурангзеба в Дхармате ободрила его сторонников и подняла его престиж, а это обескуражило Дару и его сторонников.
Дара был слишком уверен в своей силе. Он назначил одни из лучших войск для восточной кампании. Во главе с Сулейманом Шико (его сыном) армия двинулась на восток и хорошо себя зарекомендовала.
В феврале 1658 года Сулейман Шико победил Шуджу возле Банараса и решил преследовать его в Бихаре. С другой стороны, после поражения Дхармата Сулейману было срочно отправлено срочное сообщение, чтобы вскоре вернуться в Агру.
После заключения поспешного договора 7 мая 1658 года Сулейман Шико отправился в Агру из своего лагеря близ Монгира в восточной части Бихара. Но не смог вовремя вернуться в Агру из-за конфликта с Аурангзебом.
После Дхармата Дара отчаянно пыталась найти союзников. Он посылал повторные письма Джасванту Сингху, который удалился в Джодхпур. Рана Удайпур также подошел. Джасвант Сингх медленно двинулся к Пушкару возле Аджмера. Собрав армию на деньги, предоставленные Дарой, он ждал, пока Рана присоединится к нему.
Рана уже завоевал Аурангзеба с обещанием 7000 ранга и возвращением парган, захваченных у него Шахом Джаханом и Дара в 1654 году. Таким образом, Дара не смог одолеть даже важного раджпутского раджаса на свою сторону.
29 мая 1658 года битва при Самугархе была в основном битвой хорошего полководства, причем обе стороны были примерно равными по численности (от 50 000 до 60 000 с каждой стороны).
Войска Аурангзеба были закалены в битве, хорошо руководили и победили Дару. Аурангзеб заставил шаха Джахана сдаться, захватив источник водоснабжения форта.
Шах Джахан находился под строгим надзором и был ограничен женскими квартирами в форте, хотя он не подвергался жестокому обращению. Он прожил восемь долгих лет, с любовью ухаживая за своей любимой дочерью Джаханарой, которая охотно решила жить в форте.
Джаханара вновь появилась в общественной жизни только после смерти шаха Джахана, и ему была оказана большая честь и должность первой леди королевства. Аурангзеб также повысила свою годовую пенсию с двенадцати лакхов до семнадцати лакхов.
Согласно условиям соглашения Аурангзеба с Мурадом, королевство должно было быть разделено между ними двумя. Но Аурангзеб не собирался делить империю. Следовательно, он предательски заключил в тюрьму Мурада и отправил его в тюрьму Гвалиора, где был убит через два года.
Проиграв битву при Самугархе, Дара бежала в Лахор и планировала сохранить контроль над окружающими его районами. Но Аурангзеб вскоре прибыл по соседству с сильной армией. Дара покинула Лахор без боя и убежала в Синд.
Дара переехала из Синда в Гуджарат, а затем в Аджмер по приглашению Джасванта Сингха, правителя Марвара .
В марте 1659 года битва при Деорай под Аджмером стала последней крупной битвой, с которой Дара сражалась против Аурангзеба. Дара вполне мог сбежать в Иран, но он хотел снова попытать счастья в Афганистане.
По дороге неподалеку от Боланского перевала коварный афганский вождь сделал его пленником и передал его страшному врагу.
Через два года после казни Дары его сын Сулайман Шико укрылся в Гархвале. Но правитель Гархвала передал его Аурангзебу под угрозой вторжения.
Приняв командование империей Великих Моголов, Аурангзеб попытался до некоторой степени смягчить последствия суровых традиций Великих Моголов воевать между братьями.
В 1673 году по примеру Джаханары Бегум Сикхир Шико, сын Дары, был освобожден из тюрьмы в 1673 году, получил мансаб и женился на дочери Аурангзеба. Иззат Бахш (сын Мурада) также был освобожден, получив мансаб , и женился на другой дочери Аурангзеба.
В 1669 году дочь Дары, Джани Бегум, которую Джаханара выглядела как ее собственная дочь, вышла замуж за третьего сына Аурангзеба, Мухаммеда Азама.