Статьи

Сборка пакетов R для Windows

Ноябрь 9, 2018

1. Установка необходимых инструментов

Чтобы собрать пакет R в Windows, вам необходимо установить некоторые дополнительные программные средства. Они обобщены в

HTTP:. // Cran г -project .org / б я п / ш я н д о ж S / R т нструменты /

1.1 Essential: Rtools

Это коллекция unix-подобных инструментов, которые можно запустить из командной строки DOS . Он также содержит компиляторы MinGW, которые используются для компиляции кода на языке Fortran и C. Вы должны скачать и запустить версию, соответствующую разновидности R, которую вы используете. При появлении запроса выберите стандартную «Установку создания пакета» для создания дополнительных пакетов.

1.2 Дополнительно: MikTeX

MikTeX используется для создания файлов справки PDF. Вы можете создать пакет R без него, но пакет не будет содержать файлов справки pdf. У большинства из вас это все равно будет установлено. Скачать с

HTTP: // WWW .mik текс .org

1.3 Essential: настройка переменной PATH

Переменная PATH сообщает Windows, где найти соответствующие программы. Чтобы добавить каталог в PATH в Windows, выберите


Панель управления -> Система -> Дополнительно -> Переменные среды

Возможно, переменная пути уже была исправлена ​​на шаге 1.1. В любом случае, вы должны проверить, что это выглядит примерно так:


C: \ Rtools \ bin; C: \ Программные файлы \ R \ R-2.15.1 \ bin \ x64;

Последний каталог будет зависеть от того, установлена ​​ли у вас 32-битная или 64-битная операционная система. Это должен быть каталог, содержащий файл Rcmd.exe

  • Точные каталоги будут зависеть от того, где вы установили различные инструменты. Приведенный выше путь должен работать, если вы выполнили процедуру установки по умолчанию. Если имена каталогов содержат пробелы, поставьте их в кавычки.
  • Я принял R2.15.1. Для более поздних версий просто измените вышеуказанные пути на соответствующую версию R. Вероятно, тогда все еще будет работать.
  • Если есть проблемы, внимательно прочитайте файл Rtools.txt.

2 Создание пакета

Информация о создании пакетов приведена в документе «Написание расширений R» (доступно в меню «Справка R») или по адресу

. HTTP: // Cran г -project .org / д о с / м н а л у S / R — е х т ы .html

Основные пункты приведены ниже, чтобы начать работу, но вам почти наверняка понадобится обратиться к вышеуказанному документу, если вы хотите успешно скомпилировать пакет. 2.1 Используйте package.skeleton ()

Самый простой способ создать пакет — сначала создать рабочее пространство R, содержащее все соответствующие функции и наборы данных, которые вы хотите включить в пакет. Удалите из рабочей области все, что вы не хотите включать в пакет. Убедитесь, что текущий каталог установлен там, где вы хотите создать пакет. использование

    setwd("C:/My Documents/Rpackages")

например. Затем, чтобы создать пакет с именем «fred», используйте команду R

package.skeleton(name="fred")

Это создаст каталог fred и несколько подкаталогов в требуемой структуре.

2.2 Редактирование файлов

Пакет состоит из каталога, содержащего файл «DESCRIPTION», и обычно содержит подкаталоги R, data и man. Каталог пакета должен иметь то же имя, что и пакет. Приведенная выше команда package.skeleton создаст эти файлы для вас. Теперь вам нужно отредактировать их, чтобы они содержали правильную информацию.

2.3 ОПИСАНИЕ файла

Файл DESCRIPTION содержит основную информацию о пакете в следующем формате:


Пакет: pkgname

Версия: 0.5

Дата: 2007-06-05

Название: Моя первая коллекция функций

Автор: Joe Developer, при

участии A. User.

Сопровождающий: Джо Разработчик

Зависит: R (> = 2.0.0), прогноз

Предлагает: tseries

Описание: краткое (один абзац) описание того, что

делает пакет и почему он может быть полезен.

Лицензия: GPL версии 2 или более

поздняя URL: http: //www.another.url

 

2.4 Rd файлы

Файлы справки для каждой функции и набора данных приведены в файлах «R документации» (Rd) в подкаталоге man. Это простой язык разметки, очень похожий на LaTeX, который можно обрабатывать в различных форматах, включая LaTeX, HTML и простой текст. Например, вот файл, который документирует функцию seasadj в пакете прогноза.

 

\name{seasadj}
\alias{seasadj}
\title{Seasonal adjustment}
\usage{
seasadj(object)
}
 
\arguments{
\item{object}{Object created by \code{\link[stats]{decompose}}
or \code{\link[stats]{stl}}.}
}
 
\description{Returns seasonally adjusted data constructed
by removing the seasonal component.}
 
\value{Univariate time series.}
 
\seealso{\code{\link[stats]{stl}}, \code{\link[stats]{decompose}}}
 
\author{Rob J Hyndman}
 
\examples{
plot(AirPassengers)
lines(seasadj(decompose(AirPassengers,"multiplicative")),col=4)
}
 
\keyword{ts}

Подробные инструкции по написанию R документации находятся на

. HTTP: // Cran г -project .org / д о с / м н а л у S / R — е х . Т Ы ч т и л # Ш т я т и н г — Р — д о с у м е н и Т а Ц И я — файлы

2.5 Включая код C или Fortran

Если ваш код R вызывает функции C или Fortran, исходный код для этих функций должен быть помещен в подкаталог src в разделе fred.

2.6 Компиляция пакета для Windows

Чтобы скомпилировать пакет в zip-файл, перейдите к приглашению DOS в каталоге, содержащем ваш пакет. (т. е. каталог «C: \ Мои документы \ Rpackages» в приведенном выше примере. Затем введите

Rcmd INSTALL --build fred

Это скомпилирует всю необходимую информацию и создаст zip-файл, который должен быть готов для загрузки в R.

2.7 Проверка пакета

Чтобы убедиться, что пакет удовлетворяет требованиям для пакета CRAN, используйте

Rcmd check fred

Проверки довольно строгие. Пакет часто будет работать нормально, даже если он не пройдет эти тесты. Но это хорошая практика для создания пакетов, которые удовлетворяют этим тестам, поскольку это может спасти проблемы позже.

2.8 Сборка пакета для других операционных систем

Чтобы создать пакет для компьютера, отличного от Windows, используйте

Rcmd build fred

Это создает файл tar.gz, который затем может быть установлен на компьютере, отличном от Windows. Он также может быть загружен в CRAN при условии, что он удовлетворяет вышеуказанным тестам.

43
Share: