Учебники

Биопайтон – Мотив Объекты

Мотив последовательности представляет собой последовательность нуклеотидной или аминокислотной последовательности. Мотивы последовательностей образованы трехмерным расположением аминокислот, которые могут быть не смежными. Biopython предоставляет отдельный модуль Bio.motifs для доступа к функциям последовательности мотивов, как указано ниже –

from Bio import motifs

Создание простого мотива ДНК

Давайте создадим простую последовательность мотивов ДНК, используя следующую команду:

>>> from Bio import motifs 
>>> from Bio.Seq import Seq 
>>> DNA_motif = [ Seq("AGCT"), 
...               Seq("TCGA"), 
...               Seq("AACT"), 
...             ] 
>>> seq = motifs.create(DNA_motif) 
>>> print(seq) AGCT TCGA AACT

Чтобы посчитать значения последовательности, используйте следующую команду –

>>> print(seq.counts) 
         0       1      2       3 
A:    2.00    1.00   0.00    1.00 
C:    0.00    1.00   2.00    0.00 
G:    0.00    1.00   1.00    0.00 
T:    1.00    0.00   0.00    2.00

Используйте следующий код для подсчета «A» в последовательности:

>>> seq.counts["A", :] 
(2, 1, 0, 1)

Если вы хотите получить доступ к столбцам счетчиков, используйте команду ниже –

>>> seq.counts[:, 3] 
{'A': 1, 'C': 0, 'T': 2, 'G': 0}

Создание логотипа последовательности

Теперь мы обсудим, как создать логотип последовательности.

Рассмотрим следующую последовательность:

AGCTTACG 
ATCGTACC 
TTCCGAAT 
GGTACGTA 
AAGCTTGG

Вы можете создать свой собственный логотип, используя следующую ссылку – http://weblogo.berkeley.edu/

Добавьте приведенную выше последовательность, создайте новый логотип и сохраните изображение с именем seq.png в папке вашего биопиона.

seq.png

Логотип последовательности

После создания изображения теперь выполните следующую команду –

>>> seq.weblogo("seq.png")

Этот мотив последовательности ДНК представлен как логотип последовательности для LexA-связывающего мотива.

База данных JASPAR

JASPAR – одна из самых популярных баз данных. Он предоставляет средства любого из форматов мотивов для чтения, записи и сканирования последовательностей. Он хранит метаинформацию для каждого мотива. Модуль Bio.motifs содержит специализированный класс jaspar.Motif для представления атрибутов метаинформации .

У этого есть следующие известные типы атрибутов –

  • matrix_id – уникальный идентификатор мотива JASPAR
  • name – название мотива
  • tf_family – семейство мотивов, например ‘Helix-Loop-Helix’
  • data_type – тип данных, используемых в мотиве.

Давайте создадим формат сайтов JASPAR, названный в sample.sites в папке biopython. Это определено ниже –

sample.sites
>MA0001 ARNT 1 
AACGTGatgtccta 
>MA0001 ARNT 2 
CAGGTGggatgtac 
>MA0001 ARNT 3 
TACGTAgctcatgc 
>MA0001 ARNT 4 
AACGTGacagcgct 
>MA0001 ARNT 5 
CACGTGcacgtcgt 
>MA0001 ARNT 6 
cggcctCGCGTGc

В приведенном выше файле мы создали экземпляры мотива. Теперь давайте создадим объект-мотив из приведенных выше примеров –

>>> from Bio import motifs 
>>> with open("sample.sites") as handle: 
... data = motifs.read(handle,"sites") 
... 
>>> print(data) 
TF name None 
Matrix ID None 
Matrix:
            0       1       2       3       4       5 
A:       2.00    5.00    0.00    0.00    0.00    1.00 
C:       3.00    0.00    5.00    0.00    0.00    0.00 
G:       0.00    1.00    1.00    6.00    0.00    5.00 
T:       1.00    0.00    0.00    0.00    6.00    0.00

Здесь данные читают все экземпляры мотива из файла sample.sites.

Чтобы распечатать все экземпляры из данных, используйте команду ниже –

>>> for instance in data.instances: 
...    print(instance) 
... 
AACGTG 
CAGGTG 
TACGTA 
AACGTG 
CACGTG 
CGCGTG

Используйте приведенную ниже команду для подсчета всех значений –